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解决方案

基因组测序服务

一、文库构建 


【服务介绍】

用限制性内切酶切割细胞的整个基因组DNA,可以得到大量的基因组DNA片段,然后将这些DNA片段与载体连接,再转化到细菌中去,让宿主菌长成克隆。这样,一个克隆内的每个细胞的载体上都包含有特定的基因组DNA片段,整个克隆群体就包含基因组的全部基因片段总和称为基因组文库。基因文库=基因组文库+cDNA文库 。

在基因组测序中,建库测序是对提供的合格样品进行建库并运用illumina测序平台测序,产生高质量的测序数据,从而为客户进行生物信息学分析提供原始数据依据。


【服务流程】


【服务优势】

专业专注:10余年医学科研行业经验,课题项目皆由3年以上的专业科研人员负责

服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

硬件保障:医思倍实验场地及相关设备对所有客户开放,欢迎随时参观

结果保证:保证所有课题实验数据的真实性、客观性

优质资源:学术资源丰富,涵盖生物医学大多数专业,根据不同需求,提供个性化辅导协助

保密制度:严格执行保密规程,充分保护客户隐私信息,诚信签订保密协议

正规发票:提供支付宝、微信、银联等多种便捷支付方式,可出具正规增值税发票


【服务内容】

序列
服务内容
1
构建基因组测序所需要的基因组文库


【样本要求】

1、细胞、新鲜组织或总RNA/DNA样品

2、细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)直接液氮冻存后,-80℃保存

3、样品运输:细胞或者组织样品;或者总RNA样本/DNA样本置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输

备注:不同测序方法,对样本的要求不相同,请根据测序手段来确定送样要求


【服务周期】:14天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价



二 、全基因组DNA甲基化测序


【服务介绍】

全基因组DNA甲基化测序简称WGBS(Whole-genome bisulfite sequencing),是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,进行全基因组范围内的精确甲基化研究。WGBS可以达到但碱基分辨率,精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。


【服务流程】


【服务优势】

专业专注:10余年医学科研行业经验,课题项目皆由3年以上的专业科研人员负责

服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

硬件保障:医思倍实验场地及相关设备对所有客户开放,欢迎随时参观

结果保证:保证所有课题实验数据的真实性、客观性

优质资源:学术资源丰富,涵盖生物医学大多数专业,根据不同需求,提供个性化辅导协助

保密制度:严格执行保密规程,充分保护客户隐私信息,诚信签订保密协议

正规发票:提供支付宝、微信、银联等多种便捷支付方式,可出具正规增值税发票


【服务内容】

序列

服务内容

1

测序数据质量评估

2

与参考基因组比对

3

甲基化位点calling

4

甲基化分布

5

差异甲基化分析

6

相关基因分析

7

多样本分析

【样本要求】

1、细胞,组织,总DNA等

2、建议起始量(单次):DNA>10ug,样品浓度>50ng/ul, OD260/OD280在1.8到2.0之间


【服务周期】:45天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价



三、CHIP-seq


【服务介绍】

ChIP-seq:是结合位点分析法,将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP(Chromatin Immunoprecipitation)指染色质免疫共沉淀技术,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。


【服务流程】


【服务优势】

专业专注:10余年医学科研行业经验,课题项目皆由3年以上的专业科研人员负责

服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

硬件保障:医思倍实验场地及相关设备对所有客户开放,欢迎随时参观

结果保证:保证所有课题实验数据的真实性、客观性

优质资源:学术资源丰富,涵盖生物医学大多数专业,根据不同需求,提供个性化辅导协助

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【服务内容】

序列

服务内容

1

测序数据质量评估

2

与参考基因组比对

3

peak峰calling

4

motif分析

5

peak峰相关基因注释

6

差异peak分析

7

相关基因功能分析


【样本要求】

1、细胞≥2×107个;动物组织量≥200mg;植物组织量:叶片≥1.5g,茎≥2 g。

2、IP产物及input:浓度>0.1ng/uL,体积≥15uL,片段长度200-500bp;通常input浓度≥50ng/uL,体积≥15uL(其它情况请联系我们技术支持沟通)。

3、ChIP文库浓度≥10nM,体积≥20μL,片段长度200-500bp。


【服务周期】:45天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价



四、lncRNA测序


【服务介绍】

lncRNA测序(long noncoding RNA)是一类长度超过200nt的长链非编码RNA,通过与DNA、RNA或蛋白结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序目前是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有lncRNA和mRNA。


【服务流程】


【服务优势】

专业专注:10余年医学科研行业经验,课题项目皆由3年以上的专业科研人员负责

服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

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【服务内容】


序列
服务内容

lncRNA分析
mRNA分析
1 lncRNA拼接组装
反义转录本鉴定
2 lncRNA位点筛选
可变剪切分析
3 lncRNA编码潜能分析
差异基因富集分析
4 lncRNA描述性统计
TSS和TTS位点统计
5 lncRNA靶基因预测
SNP/InDel分析
6 lncRNA保守性分析
mRNA保守性分析
7 ORF长度分析及exon个数分析
ORF长度分析及exon个数分析
8 表达水平分析及差异表达分析
表达水平分析及差异表达分析


【样本要求】

1、细胞,组织,全血,总RNA等

2、建议总RNA起始量:10ug,最低5ug,人/大鼠/小鼠样品可低至1ug,

3、浓度≥200 ng/uL(人/大鼠/小鼠样品可低至≥50ng/ul)


【服务周期】:45天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价



五、转录组测序


【服务介绍】

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。


【服务流程】


【服务优势】

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服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

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【服务内容】

序列

服务内容

1

基因结构水平分析

2

与参考基因组比对

3

新转录本预测

4

可变剪切分析

5

SNP分析

6

InDel分析


【样本要求】

1、细胞,组织,全血,血清,血浆,总RNA等

2、建议总RNA起始量:2ug,最低1ug,浓度≥50ng /uL


【服务周期】:40天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价



六、circRNA测序


【服务介绍】

环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生的,与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。在功能上,近年的研究表明,circRNA分子富含microRNA(miRNA)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平;这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用,circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。


【服务流程】


【服务优势】

专业专注:10余年医学科研行业经验,课题项目皆由3年以上的专业科研人员负责

服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

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【服务内容】

序列

服务内容

1

参考序列比对

2

circRNA鉴定

3

circRNA来源基因分析

4

circRNA表达水平定量

5

差异表达分析

6

GO、KEGG富集分析

7

miRNA结合位点预测


【样本要求】

1、细胞,组织,全血,总RNA等

2、建议总RNA起始量:10 ug,最低5ug,浓度≥200 ng/uL


【服务周期】:70天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价


七、扩增子16S/ITS测序


【服务介绍】

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获片段进行测序,对环境样本进行16s、ITS、18s高变区扩增产物测序,通过检测目的区域的序列变异和丰度,可研究环境中微生物的多样性及群落组成差异。

16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。


【服务流程】


【服务优势】

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【服务内容】

序列

服务内容

1

物种注释

2

α-多样性分析

3

β-多样性分析

4

多元统计分析

5

CCA分析

6

环境因子关联分析

7

VPA分析

8

功能预测

9

肠型分析

10

贝叶斯网络图

11

Source Tracker


【样本要求】

1、菌体,DNA等

2、建议总DNA起始量:>20ng(较纯DNA,无宿主及其他杂质污染)


【服务周期】:10天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价



八、宏基因组测序


【服务介绍】

宏基因组学(Metagenomics)又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA并测序,利用组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的群落组成及其群落(基因)功能。


【服务流程】


【服务优势】

专业专注:10余年医学科研行业经验,课题项目皆由3年以上的专业科研人员负责

服务透明:项目反馈及时,阶段性说明实验项目进展情况,客户无后顾之忧

硬件保障:医思倍实验场地及相关设备对所有客户开放,欢迎随时参观

结果保证:保证所有课题实验数据的真实性、客观性

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【服务内容】

序列

服务内容

1

测序数据质量评估

2

基因预测

3

物种、功能注释

4

CARD

5

CAG/MLG分析

6

CNV(copy number variation)

7

噬菌体


【样本要求】

1、环境样品,总DNA等

2、建议总DNA起始量:5 ug,最低0.5ug,浓度≥30 ng/uL(Qubit定量)


【服务周期】:26.5天


【服务价格】:根据样品类型和数量面议定价


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